Développement de Méthodes de Contrôle Innovantes pour maîtriser les dangers Émergents liés aux alternatives protéiques

Les défis démographiques et environnementaux à venir incitent les populations à explorer de nouvelles alternatives. Les produits végétaux et l’utilisation d’insectes sont désormais reconnus comme des alternatives potentielles aux produits animaux. Toutefois, les mesures déjà mises en oeuvre pour contrôler la qualité microbiologique des denrées alimentaires conventionnelles n’ont pas été développées pour les substituts protéiques végétaux et à base d’insectes.
La transposition des méthodes analytiques classiques n’est adaptée au contrôle de ces dangers émergeants. En effet, pour la matrice insectes, des limites ont été démontrées pour détecter les agents pathogènes et d’altération en raison de la richesse et de la variabilité de leur flore microbienne et ces matrices peuvent faire émerger de nouveaux dangers non détectées par les méthodes ciblées mises en oeuvre (Brulé et al 2024). Les alternatives végétales peuvent quant à elles faire augmenter l’exposition à des dangers déjà connus et de façon significative de par leur forte consommation mais aussi par la mise en oeuvre de nouveaux procédés de transformation.
Ainsi, le projet de thèse vise à caractériser la diversité bactérienne de ces alternatives alimentaires, notamment les insectes et les produits végétaux, et à évaluer l’efficacité des méthodes de contrôle microbiologique et à les faire évoluer en vue de leur future réglementation et des contrôles qualité pertinents à mettre en oeuvre. Des méthodes innovantes telles que la métagénomique et la PCR quantitative seront utilisées en complément des méthodes culturales traditionnelles.
L’objectif est d’assister les autorités publiques dans la maîtrise de la sécurité et de la qualité des alternatives protéiques, notamment les Novel Foods comme les insectes, ainsi que les alternatives végétales qui sont en plein essor. Les résultats de ce projet fourniront un soutien scientifique précieux pour le développement des industries agroalimentaires, tout en répondant aux besoins croissants des consommateurs en quête de nouvelles sources protéiques sûres et durables.
La thèse, d’une durée de 3 ans, débutera en novembre 2024.

Présentation du laboratoire d’accueil
UMR SecAlim
SECALIM (SECurité des ALIments et Microbiologie) est une Unité Mixte de Recherche (UMR1014) INRAE/Oniris qui exerce ses activités dans le domaine de la sécurité microbiologique des aliments. La mission de SECALIM est de produire et diffuser des connaissances et des méthodes scientifiques dans le domaine de la sécurité microbiologique des aliments pour répondre aux demandes sociétales de santé publique et de maîtrise des pertes alimentaires. Ses actions de recherche visent à caractériser et maîtriser le risque microbien (sanitaire et d’altération) dans les aliments. Les compétences mises en oeuvre dans l’unité combinent de la microbiologie classique et moléculaire, de la microbiologie prévisionnelle et de l’appréciation quantitative des risques. Une des finalités de ces travaux est de contribuer à l’apport de moyens de maîtrise innovants à destination des professionnels ou des autorités de contrôle pour assurer la sécurité microbiologique des aliments.

Profil du candidat
Prérequis : Le/la candidat(e) motivé(e) aura un Master 2 Recherche ou équivalent en microbiologie des aliments et devra s’inscrire à école doctorale n° 642 VAAME à Oniris VetAgroBio (Nantes).

Connaissances et compétences souhaitées : adaptabilité rapide et autonomie, savoir travailler en groupe, sens de l’écoute et du partage des tâches, microbiologie, biologie moléculaire, notions de bio-informatique, génomique et analyse des dangers biologiques, maitrise de l’anglais, capacités rédactionnelles et organisationnelles. Le/la candidat·e sera devra travailler en laboratoire de niveau de sécurité biologique de classe 2.

Date limite de candidature
30/09/2024

Eléments à fournir pour la candidature
Il sera indispensable de fournir pour tout dépôt de candidature :
– un CV complet et détaillé, en particulier sur le niveau d’expérience des prérequis demandés
– lettre de motivation
– recommandations ou coordonnées de personne(s) à contacter pour recommandation
– certificat de réussite de Master ou résultats du Master en cours (si Master effectué pour l’année universitaire 2023-2024)

Contacts

Directeur de thèse
Dr Emmanuel JAFFRES
Maître de Conférences (HDR) – UMR SecAlim 1014, 44300 Nantes, France
✉ emmanuel.jaffres@oniris-nantes.fr

Co-Encadrant de thèse
Dr Boris MISERY
Maitre de conférences – UMR SecAlim 1014, 44300 Nantes, France
✉ boris.misery@oniris-nantes.fr

Co-encadrante de thèse
Dr Géraldine BOUE
Maitre de conférences – UMR SecAlim 1014, 44300 Nantes, France
✉ geraldine.boue@inrae.fr