3 usages (très) concrets de Chat GPT pour microbiologistes

Il y a un an Chat GPT est entré avec fracas dans nos vies. Depuis, on a plutôt tendance à “jouer” avec. Certains écrivent des posts LinkedIn, d’autres produisent des images… c’est sympa, mais c’est plutôt futile, non ?

Le champ des possibles semble vaste avec cette IA (Intelligence Artificielle), mais bien souvent à notre niveau, dans la microbiologie on n’a un peu du mal à imaginer comment ça pourrait un jour nous aider.

Et pourtant il existe des usages qui peuvent s’appliquer dès à présent. Nous avons échangé à ce sujet avec un SuperMicrobioloGeek, Nicolas Nguyen Van Long, qui l’utilise de plus en plus régulièrement dans ces activités microbiologiques au sein de l’ADRIA.

Voici donc 3 utilisations concrètes de Chat GPT qui pourraient vous aider dès aujourd’hui dans vos labos de microbiologie.

Trouver des informations sur une souche

Chez SuperMicrobiologistes on reçoit énormément d’emails dans lesquels on nous demande des informations sur des souches qui ont été retrouvées dans un produit ou un environnement. Chat GPT peut parfaitement répondre à ce besoin.

Chat GPT héberge une multitude de “mini” intelligences artificielles, des GPTs (Generative Pre-trained Transformer). Il s’agit d’une intelligence artificielle qui a été entraînée sur une thématique spécifique.

Celle qu’on vous propose de découvrir ici c’est Consensus.

Cette IA permet de chercher des informations dans des publications scientifiques (200 millions), de nous sortir un résumé ainsi qu’un lien vers les publications !

Nous l’avons essayé en lui posant cette question : 

Peux-tu me communiquer des informations sur la souche halomonas ?

Voici sa réponse :

« Les espèces de Halomonas sont des bactéries halophiles et/ou halotolérantes, Gram-négatives et aérobies, typiquement trouvées dans des environnements salins. Depuis leur classement en tant que genre en 1980, le genre Halomonas s’est élargi et comprend actuellement 76 espèces reconnues taxonomiquement, avec de nouvelles espèces en attente d’ajout. Ces bactéries présentent un intérêt croissant pour des applications industrielles, notamment en bioremédiation et dans la production de composés souhaitables. Bien qu’initialement considérées comme des contaminants environnementaux et non pathogènes, des maladies associées à Halomonas chez les algues, les animaux et les humains ont été décrites. Avec l’augmentation de l’utilisation biotechnologique de ces espèces et l’amélioration de leur isolement et reconnaissance, on peut s’attendre à une augmentation des rencontres pathogènes avec les humains (Kim, Lee, & Stevens, 2013).

Halomonas elongata, l’espèce type du genre, a été étudiée pour ses caractéristiques de croissance et sa spécificité ionique, montrant une tolérance significative au sel qui diminue sur des milieux définis, suggérant que le type de milieu de croissance a un grand effet sur la tolérance au sel de la bactérie. Halomonas exige spécifiquement le cation Na+ pour sa croissance, et différentes sources de NaCl peuvent soutenir sa croissance, mais pas LiCl, NH4Cl, MgCl2·6H2O, ou KCl (Vreeland & Martin, 1980).

Une nouvelle espèce, Halomonas boliviensis, a été proposée pour deux bactéries modérément halophiles et psychrophiles isolées d’un échantillon de sol autour du lac Laguna Colorada en Bolivie. Ces bactéries sont caractérisées par leur capacité à utiliser diverses sources de carbone, réduire les nitrates et montrer une activité de déaminase du tryptophane, avec un contenu en ADN G+C de 51.4 à 52.6 mol% (Quillaguamán et al., 2004).

Ces études illustrent la diversité physiologique et la capacité adaptative des espèces de Halomonas dans des environnements variés, soulignant leur potentiel pour des applications biotechnologiques et environnementales.« 

Incroyable, non ?!

Contrairement à des versions plus anciennes de Chat GPT, par exemple 3.5 qui avait tendance à inventer du contenu et des références bibliographiques. Ici le GPT qui intègre l’outil Consensus est capable de fournir des références bien réelles et de surcroît pertinentes. 

Lecture assistée d’un texte

Un autre usage de Chat GPT, peut être la lecture assistée d’un texte. 

On peut donner un texte, un livre (format PDF), puis demander à Chat GPT de nous en faire un résumé, ou un topo sur une thématique très précise.

Pour tester cette fonctionnalité, nous lui avons donné la norme ISO11133, et nous lui avons demandé :

Quels tests doivent être fait pour tester les performances d’une gélose qui détecte spécifiquement les Salmonelles.

Voici sa réponse : 

« Pour évaluer une gélose destinée à l’isolement de Salmonella, plusieurs types de tests de performance sont recommandés, chacun visant à confirmer que le milieu est approprié pour la détection et l’isolement efficace de Salmonella spp. Ces tests incluent :

1. Productivité

Objectif : Vérifier la capacité du milieu à promouvoir la croissance de Salmonella spp.

Méthode : Inoculer le milieu avec des souches connues de Salmonella à différentes concentrations pour s’assurer que le milieu permet une croissance adéquate.

2. Sélectivité

Objectif : Évaluer la capacité du milieu à inhiber la croissance d’organismes non cibles tout en permettant celle de Salmonella.

Méthode : Inoculer le milieu avec des souches de bactéries non cibles (par exemple, des bactéries commensales ou concurrentes présentes dans les échantillons testés) pour vérifier l’efficacité de l’inhibition.

3. Spécificité

Objectif : Confirmer que le milieu identifie correctement Salmonella spp. sans faux positifs ni négatifs.

Méthode : Utiliser des souches de Salmonella et d’autres bactéries similaires pour s’assurer que seules les souches cibles montrent les caractéristiques attendues sur le milieu (par exemple, la couleur des colonies ou la présence d’un halo).

4. Test de stérilité

Objectif : S’assurer que le milieu ne contient pas de micro-organismes avant l’utilisation.

Méthode : Incuber des échantillons du milieu sans inoculation à des températures appropriées pour vérifier l’absence de croissance.

5. Test de pH

Objectif : Confirmer que le pH du milieu est dans la plage optimale pour la croissance de Salmonella.

Méthode : Mesurer le pH du milieu préparé pour s’assurer qu’il est conforme aux spécifications.

6. Stabilité

Objectif : Vérifier que le milieu conserve ses propriétés de performance sur une période donnée.

Méthode : Tester la productivité et la sélectivité du milieu après stockage pendant des périodes spécifiées à des conditions définies.

Ces tests doivent être réalisés conformément aux lignes directrices établies par des normes internationales telles que l’ISO 11133:2014/Amd.1:2018 et les spécifications des méthodes d’essai pertinentes pour Salmonella, comme l’ISO 6579 pour la microbiologie des aliments. La documentation et la traçabilité des résultats sont essentielles pour valider l’efficacité du milieu de culture.« 

Bon OK, il y a un peu de zèle au niveau des tests de pH et de stabilité, mais pour le reste, c’est vraiment intéressant !

Traduction de procédures

Plusieurs sites de production agroalimentaires connaissent actuellement une pénurie de main-d’œuvre. Les industriels vont donc chercher cette main-d’œuvre à l’étrangers (Roumanie, Pologne, …).

Les travailleurs embauchés sont généralement techniquement compétents, cependant il ne parle ni français ni anglais. Ce qui est un véritable problème pour la compréhension des procédures.

Grâce à l’IA et particulièrement à Chat GPT, en quelques clics, toutes les procédures du laboratoire peuvent être traduites dans la langue maternelle du.de la travailleur.euse.

La qualité de la traduction est assez exceptionnelle, en tout cas bien meilleure que ce que proposent les outils de traduction classiques.

Chez SuperMicrobiologistes tous nos textes sont écrits en français (et sans GPT), puis traduits en anglais. Nous utilisons cette fonctionnalité de Chat GPT pour « dégrossir » nos traductions en anglais.

Conclusion

Il existe plein d’autres applications concrètes à l’utilisation de l’IA (certaines travaillent sur la création de modèles experts, d’autres sur des jumeaux numériques). Il y a de fortes chances que ces avancées changent notre façon de travailler dans quelques années… ou même dans quelques semaines.

Que l’on soit pour ou contre l’IA, nous pensons qu’il est donc important de garder un œil dessus et de commencer à se familiariser avec ces outils.

Et vous, utilisez-vous l’IA dans votre labo de microbiologie ? Dites nous comment en commentaire.

Merci Nicolas 😉

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