Microbiologie alimentaire : Guide d’achat de souches microbiennes

La norme NF EN  ISO 11133 demande aux laboratoires de microbiologie alimentaire de tester la fertilité de leurs milieux de culture. Pour effectuer ce test de fertilité, les laboratoires ont besoin de souches de microorganismes. Mais où trouver ces souches ?

Alors qu’il y a quelques années la seule alternative pour acheter des souches était l’Institut Pasteur, aujourd’hui nous avons la “chance” d’avoir plusieurs fournisseurs de souches. Et cerise sur le gâteau, il existe plein de formats différents, avec des souches prêtes à l’emploi, calibrées ou non calibrées.

Mais alors, comment choisir la bonne solution pour son labo ?

Dans cet article, nous avons répertorié les points critiques à vérifier avant de choisir un nouveau fournisseur de souches de microorganismes.

Sommaire :

• Qu’est-ce qu’un test de fertilité ?
• Comment choisir une souche microbienne calibrée ?
• Comment choisir une souche microbienne non calibrée ?
• Notre sélection de souches
  • Calibrées
  • Non calibrées

Avertissement : cet article est le fruit d’un travail collaboratif continu. Si vous souhaitez participer à ce travail collaboratif, écrivez-nous à pierre@supermicrobiologistes.fr. Nous mettrons régulièrement à jour cet article en y intégrant vos conseils.

Qu’est-ce qu’un test de fertilité ?

Un test de fertilité permet de vérifier qu’un milieu de culture promeut la bonne croissance des microorganismes recherchés.

Pour faire un test de fertilité, on contamine artificiellement le milieu de culture à tester avec des microorganismes (bactéries, levures ou moisissures). Puis on vérifie que le recouvrement de la souche sur le milieux de culture est correct et acceptable.

En fonction du type de milieu de culture, le test de fertilité peut être qualitatif ou quantitatif. Il peut être effectué sur des milieux gélosés (boîtes de Petri), ou sur des milieux liquides comme des bouillons de dilution ou des bouillons d’enrichissement (exemples : Eau Peptonnée Tamponnée EPT ou Fraser)

Comment choisir une souche microbienne calibrée ?

Disponibilité de toutes les souches

Généralement il y a plusieurs milieux de culture à tester, il faut donc plusieurs genres et espèces de souches.

L’idéal est donc de dresser une liste et de vérifier que le fournisseur peut toutes les fournir… Cela évitera d’avoir 2 ou 3 fournisseurs différents.

Vérifier la souchothèque de référence

Vérifier que la souche proposée par le fournisseur est la même (ou équivalente) à la souche demandée dans la norme.

Chaque pays ayant sa propre souchothèque de référence (exemple : Collection de l’Institut Pasteur (CIP), ATCC (American Type Culture Collection)) il est parfois difficile de savoir si la souche que propose le fournisseur est la même que celle demandée par la norme.

Heureusement il existe des équivalences entre les souchothèques. Le site de la World Data Centre for Microorganisms (WDCM) permet de facilement retrouver ces équivalences.

Quelle est la concentration de la souche ?

Vérifier que la concentration proposée par le fournisseur correspond à la concentration ciblée pour le test de fertilité.

Généralement on essaie d’inoculer avec un faible volume (0,1ml sur une gélose ou un tube et jusqu’à 1 ml pour un bouillon d’enrichissement). Les fournisseurs peuvent proposer différents formats de souches, avec différentes concentrations. Il faut vérifier que le format proposé est compatible avec les besoins du labo et qu’il n’y aura pas trop de perte.

Facilité d’utilisation

Moins il y a d’étapes de préparation, moins il y a d’erreurs !

En fonction des fournisseurs, il peut y avoir plus ou moins d’étapes de préparation. Sachant qu’on travaille avec du vivant, chaque étape à son importance (temps de réhydratation, température de dilution, temps de vortex, etc…) et peut avoir un impact sur la croissance du microorganisme… Il faut dire qu’elles sont sensibles ces bébêtes !

Autre point, est-ce que le format est sans danger? Certains fournisseurs proposent les souches dans des emballages à “risque”, comme des ampoules en verre. Il y a évidemment un risque de coupure (avec une souche ce n’est vraiment pas cool) et des risques de contaminations croisées. A contrario, d’autres fournisseurs proposent des formats faciles à utiliser et sans aucun risque pour l’utilisateur et pour l’échantillon.

Nombre d’analyses par conditionnement

Sur ce point, on n’a aucun conseil à donner en particulier, tout dépend des besoins du labo. Avec un conditionnement on peut faire de 1 à 100 tests. C’est donc un point à discuter avec les fournisseurs. C’est généralement une question de prix !

Pureté de la souche

C’est rare, mais cela peut arriver avec certains fournisseurs qu’une souche soit contaminée avec une autre souche. Pour vérifier ce point rien de mieux que d’échanger avec d’autres laboratoires qui utilisent déjà le fournisseur, cela permet de vérifier sa fiabilité. Vous pouvez le faire en posant la question sur le forum de SuperMicrobiologistes.

Température de conservation

En fonction du fournisseur, la souche va se conserver à température ambiante (rare), au réfrigérateur (2-8°C) ou au congélateur (-20°C). En fonction de la place disponible au labo, cette température de stockage peut véritablement être un critère de choix.

Péremption de la souche

Les souches calibrées ont un certain coût. Il n’y a donc rien de plus rageant que de devoir les jeter parce qu’elles sont périmées. Il faut donc privilégier un fournisseur qui s’engage à livrer les souches avec la plus longue péremption possible.

Condition de transport et délai de livraison

Demandez à votre fournisseur où sont fabriquées ses souches… la réponse est parfois surprenante (Australie, USA, etc…). Les délais d’approvisionnement peuvent parfois être longs. Est-ce qu’il y a un stock en France ?

Autre point : Comment est gérée la température lors du transport ? Est-ce que le fournisseur à une validation ? Si oui, demandez-la !

Prix

C’est évidemment un critère de choix… mais pour ce point, on vous laisse gérer !

Bonus : Les souches génétiquement modifiées

Certains fournisseurs proposent des souches génétiquement modifiées. Ces souches vont par exemple émettre une lumière fluorescente lorsqu’elles sont éclairées avec une lampe UV. Les fournisseurs les proposent pour des souches pathogènes, cela permet de les repérer plus facilement en cas de contaminations dans le labo.

A quelle fréquence devons-nous tester la fertilité des milieux de culture ? Retrouvez notre article ici

Comment choisir une souche microbienne non calibrée ?

Les souches non calibrées sont généralement utilisées pour alimenter le souchier du laboratoire (congélateur -20 à -80°C). Les critères vus au-dessus sont presque tous applicables. On y ajoutera celui-ci :

Nombre de passages

Les souches stockées en souchiers sont généralement repiquées un certain nombre de fois.

A chaque repiquage la souche subit des mutations qui peuvent lui faire perdre certaines caractéristiques importantes. Ces mutations peuvent à terme avoir un impact négatif avec vos méthodes de détections (PCR ou milieux chromogéniques par exemple).

Certains fournisseurs proposent des souches à 1, 2 ou 4 passages de la souche de référence. Pour une conservation en souchier on va plutôt privilégier les souches avec 1 ou du 2 passages maximums.

Notre sélection de souches :

En savoir plus sur nos critères de sélection ? C’est ici

Sélection de souches calibrées pour les tests de fertilité

Vitroid et Lenticule de chez Merck

Souches de contrôles provenant des collections anglaises NCTC (National Collection of Type Cultures) pour Lenticules et espagnoles CECT (Colección Española de Cultivos Tipo) pour les Vitroids. Les Lenticules et les Vitroids sont disponibles à différentes concentrations < 100, entre 1000 et 10 000 et >10 000 ufc. Pour chaque souche, un certificat d’analyse donne la concentration exacte des pastilles.

Pour préparer la souche, il suffit de déposer le disque hydrosoluble (pastille) directement sur le milieu de culture à contrôler et attendre 10 secondes.

Points forts des Lenticule et Vitroids* :

• Toutes les souches sont des matériaux de référence certifiés (MRC)
• Equivalence WDCM
• Préparation très simple 1 étape
• 2 utilisations possibles, 1 pastille sur la boîte ou 1 pastille dans un diluant pour faire plusieurs tests.
• Péremption 36 mois à la fabrication, avec un minimum de 12 mois à la livraison.
• Maximum 3 passages par rapport à la souche de référence

Limites des Lenticule et Vitroids* :

• Température de conservation: -20°C
• La concentration vendue étant une “fourchette”, il faut vérifier la valeur exacte dans le certificat d’analyse.

Ces informations n’ont pas encore pu être vérifiées par des SuperMicrobiologistes utilisateurs de la souche. Soyez le.a premier.e contactez-nous.

Lien vers les Lenticules et les Vitroids

Contacts Merck :
Sophie Asensi – France Nord – 07 62 83 16 23 – sophie.asensi@merckgroup.com
François PEYRELADE – France Sud – 06 80 63 91 54 – francois.peyrelade@merckgroup.com

EPOWER de chez Microbiologics

Souches de microorganismes calibrées provenant principalement de la collection américaine ATCC. Elles sont disponibles à différentes concentrations, entre 10² et 10⁸ ufc par pastille. La souche est livrée avec un certificat d’analyse qui donne la concentration exacte des pastilles.

La pastille est réhydratée dans un liquide (fourni en option), il faut compter environ 60 minutes avant de pouvoir utiliser la souche. 

Points forts des EPOWER* :

• Large gamme disponible
• Température de conservation: 2-8°C
• Après réhydratation le nombre de tests disponibles est important (ex: réhydratation dans 10 ml = 100 aliquots de 100 ul disponibles)
• Correspondances WDCM disponibles.

Limites des EPOWER* :

• Stabilité après réhydratation 30 minutes.
• La concentration vendue étant une “fourchette”, il faut vérifier la valeur exacte dans le certificat d’analyse.

Ces informations ont été confirmées par des SuperMicrobiologistes utilisateurs de ces souches.

Lien vers Epower
Trouver un distributeur local

BAControl de chez Ielab

(distribuées par 2Binnov en France)

BAControl est un format de souche quantitatif, avec des souches provenant de la souchotèque espagnole CECT (Colección Española de Cultivos Tipo). La marque Ielab propose 3 niveaux de concentrations <100, entre 100 et 1000 et > 1000. Pour chaque souche, un certificat d’analyse donne la concentration exacte des pastilles.

La préparation de la souche se fait en 3 étapes, on resuspend la pastille dans 20 ml d’eau stérile puis on attend 10 minutes (en vortexant toutes les 2 minutes).

Points fort des BAControl* :

• Suspension stable 8 heures après réhydratation
• Péremption 12 mois à la fabrication, avec un minimum de 6 mois à la livraison.
• Correspondances WDCM disponibles.
• Après réhydratation le nombre de tests disponibles est important (ex: réhydratation dans 20 ml = 200 aliquots de 100 ul disponibles)

Limites des BAControl* :

• Température de conservation: -20°C
• La concentration vendue étant une “fourchette”, il faut vérifier la valeur exacte dans le certificat d’analyse.

Ces informations ont été confirmées par des SuperMicrobiologistes utilisateurs de ces souches.

Lien vers BAControl
Contact 2Binnov

Sélection de souches non calibrées pour les souchiers

Kwik Stik de chez Microbiologics

Les Kwik Stik sont des souches qualitatives provenant majoritairement de la souchothèque américaine ATCC (American Type Culture Collection), mais aussi d’autres collections comme NTCT, NCIMB, CDC et NCPF.
Ce consommable comprend la souche, le liquide de réhydratation et un écouvillon pour déposer la souche sur la boîte de Petri. 

Points forts des Kwik Stik* : 

• Format tout en un “fermé”, pas de risque de contamination.
• Plus de 900 souches différentes sont disponibles.
• Température de conservation: 2-8°C.
• Correspondances WDCM disponibles.
• 2 ou 3 passages maximum par rapport à la souche de référence

Limites des Kwik Stik* : 

• Beaucoup de plastique dans l’emballage et le sur-emballage.

Ces informations ont été confirmées par des SuperMicrobiologistes utilisateurs de ces souches.

Lien vers Kwik Stik
Trouver un distributeur local

BACuali de chez Ielab

(distribuées par 2Binnov en France)

Souches provenant de la souchothèque espagnole CECT (Colección Española de Cultivos Tipo). La souche doit être réhydratée dans un liquide (non fourni). On resuspend la pastille dans 20 ml d’eau stérile après 10 minutes, la souche peut être utilisée pour la manipulation.

Points forts des BACuali* :

• Péremption 12 mois à la fabrication, avec un minimum de 6 mois à la livraison.
• Correspondances WDCM disponibles.

Limites des BACuali* :

• Température de conservation: -20°C

Ces informations ont été confirmées par des SuperMicrobiologistes utilisateurs de ces souches.

Lien vers BACuali
Contact 2Binnov

*: Les points forts et les limites sont des informations qui nous ont été remontées par des microbiologistes utilisateurs.trices de ces technologies. Dans certains cas les points forts et les limites n’en seront peut-être pas étant donné que chaque laboratoire est différent.

Vous êtes fabricant ou distributeur de souches pour les laboratoires de microbiologie alimentaire ? Vous souhaitez faire partie de notre sélection ? Contactez-nous à l’adresse suivante : pierre@supermicrobiologistes.fr

Vous avez maintenant toutes les cartes en main pour choisir le fournisseur de souches qui convient le mieux à votre labo, à vous de jouer !

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