Quelle collection de souches de controle qualité microbiologique utiliser ? ATCC ? CIP ? autres ?

Souches de contrôle qualité microbiologique : Quelle collection utiliser ?

La collection la plus réputée dans le monde est sans doute celle de l’ATCC (American Type Culture Collection). Cependant, il existe de nombreuses autres collections qui peuvent parfois être plus accessibles et moins coûteuses.

Mais alors, est-il possible d’utiliser des souches provenant d’autres collections ?

Et quelles sont les différences entre ces collections ?

C’est ce que nous allons voir ensemble dans cet article.

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Que disent les normes et les pharmacopées ?

Chaque pays (ou presque) ayant sa propre souchothèque nationale, il est difficile pour une norme internationale de mentionner uniquement des souches provenant d’une souchothèque plutôt qu’une autre, mais il est également difficile de toutes les nommer !

C’est pourquoi, elles ouvrent la porte à l’utilisation de souches provenant d’autres collections, comme ici dans le chapitre <61> de la pharmacopée américaine :

Staphylococcus aureus such as ATCC 6538, NCIMB 9518, CIP 4.83, or NBRC 13276

Extrait du chapitre <61> de la pharmacopée américaine

Quatre collections sont mentionnées, mais le “such as” ouvre la porte à l’utilisation d’autres souches “équivalentes”.

Depuis 2010, on retrouve également le numéro WDCM (World Data Center for Microorganisms).

La WDCM est une base de données qui permet de tracer des équivalences entre les souchothèques nationales.

Et ça, c’est vraiment bien pratique pour les microbiologistes.

Cela permet de trouver plus facilement un fournisseur en étant sûr qu’on va utiliser la bonne souche.

Nous avons recherché la souche mentionnée plus haut (ATCC 6538) sur la base de données WDCM et voici le résultat :

Equivalence de la souche de staphilococcus aureus ATCC6538 avec la WDCM 00193

Elle a des équivalences dans 8 autres collections, pas mal d’avoir le choix, non ?

Comment deux souches peuvent-elles être équivalentes ?

Nous pensions arrêter l’article ici, mais notre curiosité nous titille…

Est-ce que ces souches sont issues de prélèvements indépendants ou sont-elles issues d’une même souche ?

C’est la question que nous nous sommes longtemps posée !

Il semblerait que la bonne réponse soit la seconde.

En effet, pour qu’une souche d’une nouvelle espèce soit enregistrée dans une biobanque, elle doit être déposée dans deux collections différentes de deux pays différents. Il n’est ensuite pas rare que les souchothèques s’échangent des souches.

Voilà donc comment une souche peut se retrouver dans plusieurs pays, dans des souchothèques différentes, avec des numéros de souches différents.

Regardez cette souche de Staphylococcus aureus subsp. aureus, elle est aujourd’hui présente dans plus de 30 collections différentes !

Souche de Staphylococcus aureus subsp. aureus WDCM 00033 équivalence avec les autres souchothèques

Si vous souhaitez suivre les échanges de souches entre souchothèques, nous vous conseillons ce site internet StrainInfo… Par contre, attention à vous, c’est clairement addictif (nous y avons passé quelques heures) !

Site internet StrainInfo qui permet de tracer l'historique des souches. ici le cas de la CIP 4.83 qui est un staphylococcus aureus.
Histoire de la souche CIP 4.83 (S.aureus) sur le site de StrainInfo

Nous y retrouvons notre souche de Staphylococcus aureus ATCC 6538, qui a été échangée avec la Collection de l’Institut Pasteur (CIP 4.83), puis Pasteur l’a ensuite échangée avec la collection NCAIM (collection hongroise)… Pire que des cartes Panini !!

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Les souches équivalentes sont-elles vraiment identiques ?

Vous êtes microbiologiste, vous savez donc que nos amies les bactéries, levures et moisissures mutent rapidement. Il est donc très probable que des souches partagées il y a plusieurs dizaines d’années, ayant été repiquées plusieurs fois, soient aujourd’hui génétiquement (légèrement) différentes.

Est-ce que ces mutations ont un impact ?

Dans le cadre de l’utilisation de souches pour des validations de méthodes ou pour des tests de fertilité de milieux de culture, il est peu probable que ces mutations aient un impact.

Cependant, pour des tests plus pointus, comme en biologie moléculaire, on ne peut pas exclure que ces mutations puissent avoir un impact, attention donc !

Voici un exemple concret d’une étude qui a été faite sur une souche partagée par plusieurs collections et qui a muté. (Un grand merci à l’équipe de la Collection de l’Institut Pasteur pour ce partage).

La souche en question est certainement la souche la plus connue au monde (à égalité avec Saccharomyces cerevisiae 😉 )… Il s’agit de la souche découverte en 1885 par Escherich (et qui porte depuis son nom).

Histoire de la souche d'Escherichia coli découverte par Escherch en 1885, puis son partage entre les différentes souchothèques du monde
Historique des partages de la souche d’E.coli découverte par Escherich.

Cette souche a été introduite dans la collection anglaise (NCTC 86) en 1920. Elle a ensuite été partagée avec la collection américaine (ATCC 4157) qui l’a partagée avec la collection allemande en 1970 (DSM 301).

Entre-temps, la souche stockée en Angleterre a également été partagée avec la collection Pasteur en France en 1961 (CIP 61.11).

En 2018, plusieurs chercheurs ont publié une étude dans laquelle ils ont comparé les 4 souches provenant des 4 collections différentes.

Evolutions génétiques de la souched'E.coli d'Escherich entre les différentes souchothèques
Evolutions génétiques de la souche d’Escherich entre les différentes souchothèques

Les résultats montrent qu’il existe bel et bien des différences génétiques entre les souches !

Conclusion

À la question “quelle collection de souches faut-il utiliser ?”, nous vous conseillons d’utiliser la souche qui est la plus pratique pour vous (prix, facilité d’utilisation, facilité d’approvisionnement), à condition que cette souche soit équivalente à celle mentionnée dans vos normes ou vos textes réglementaires.

Pour cela, nous vous recommandons d’utiliser le site de la WDCM.

Nom et caractéristiques des principales collections de souches :

  • ATCC (American Type Culture Collection) : Située aux États-Unis, cette collection est l’une des plus anciennes et des plus vastes. Elle propose une large gamme de souches de bactéries, ainsi que des champignons, des levures, des virus, des lignées cellulaires, etc.
  • DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen) : Basée en Allemagne, la DSMZ est réputée pour sa collection extensive de bactéries, y compris des espèces rares et difficiles à cultiver.
  • CCUG (Culture Collection, University of Gothenburg) : Située en Suède, cette collection est particulièrement riche en souches cliniques et environnementales.
  • CIP (Collection de l’Institut Pasteur) : Basée en France, elle est connue pour ses souches pathogènes et ses collections historiques.
  • NCTC (National Collection of Type Cultures) : Basée au Royaume-Uni, cette collection se concentre sur les souches de référence pour des tests diagnostiques et de recherche.
  • JCM (Japan Collection of Microorganisms) : Cette collection japonaise est réputée pour sa diversité de micro-organismes, y compris les bactéries.
  • KCTC (Korean Collection for Type Cultures) : Située en Corée du Sud, elle propose une large gamme de souches de bactéries et autres micro-organismes.
  • MTCC (Microbial Type Culture Collection and Gene Bank) : Basée en Inde, cette collection se distingue par ses ressources en micro-organismes provenant du sous-continent indien.
  • NBRC (NITE Biological Resource Center) : Située au Japon, cette collection se concentre sur les micro-organismes industriels, y compris les bactéries et les champignons.
  • CICC (China Center of Industrial Culture Collection) : Située en Chine.

Nous souhaitons remercier Fay Betsou et Dominique Clermont pour nous avoir aidé à mieux comprendre le fonctionnement des équivalences entre les souches.

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