Sélection de 5 méthodes PCR pour la détection des STEC

La détection des E.coli produisant des shigatoxines est peut-etre certainement l’analyse microbiologique la plus complexe du moment (en microbiologie alimentaire !).

Après avoir expliqué ce qu’est un STEC, pourquoi ils sont compliqués à détecter et comment choisir la méthode la plus adaptée à son labo, voici le dernier étage de la fusée : Une sélection de 5 méthodes PCR fiables pour détecter les STEC.

Pour faire cette sélection nous avons demandé à la communauté des SuperMicrobiologistes les méthodes qu’ils utilisaient pour la détection des STEC. Nous avons ensuite contacté les responsables de ces marques pour en savoir un peu plus sur leur technologie PCR en temps-réel.

Dans cet article nous avons essayé de mettre en lumière les avantages de chacune de ces technologies pour vous aidez dans votre choix.

Il ne vous reste maintenant plus qu’à les essayer… et à nous faire votre retour ;-).

Sommaire :

• Assurance GDS MPX de Merck
• Gene UP EHEC de Biomérieux
• IQ-Check Stec VirX de Bio-Rad

Assurance GDS MPX de Merck

Merck propose 3 kits pour la détection des Top 7 STEC :

• Assurance GDS MPX for Top 7 STEC : Il détecte stx1, stx2, eae et O157. Il utilise une approche IMS avant la PCR pour capturer les E.coli appartenant aux 7 principaux sérogroupes O.
  
• Assurance GDS MPX ID for Top STEC : Il détecte les sérogroupes O26, O45, O103, O111, O121 et O145.
  
• Assurance GDS EHEC ID : Pour la détection du sérotype O157

Validation : La méthode Assurance GDS MPX STEC est validée ISO16140-2 par l’AFNOR (dossier de validation)

Matrices testées lors de la validation :

• Viande crue (25 et 375g)
• Produit au lait cru (25g)

3 points forts : 

• Réduction du nombre de présomptifs positifs non confirmés : l’étape d’IMS permet de capturer uniquement des cellules vivantes.  
  
• Confirmation culture simple et fiable : à partir de l’immuno-capture ayant donnée le résultat PCR, aucun biais lié à une reprise de l’échantillon.
  
• Support local : 2 ingénieurs d’application dédiés à la France. Un service technique basé en France à Strasbourg et un entrepôt situé au sud de Lyon pouvant livrer en 48h partout en France.

Plus de 20 sites installés en France spécifiquement sur les analyses STEC.

SuperMicrobiologistes a récupéré le retour d’expérience d’une utilisatrice de la méthode Assurance GDS : Voici le retour d’expérience de la Fromagerie Chabert.

Contact Merck : Florent Brossat – 07 84 41 09 22 – florent.brossat@merckgroup.com
Dites-lui que vous venez de la part de SuperMicrobiologistes.

Gene UP EHEC de Biomérieux

bioMérieux propose plusieurs kits pour la détection des STEC / EHEC 

• Détection des gènes stx1, stx2 et eae : Kit EH1
  
• Détection des E.coli TOP7 : Kit EH2 et O157:H7
  
• Immuno-capture TOP7 : VIDAS ESPT
  
• Confirmation : gélose ChromID EHEC, ChromID coli CT Smac + Test Latex

Validation : La méthode GENE UP EHEC est validée ISO16140-2 par le MICROVAL (dossier de validation)

Matrices testées lors de la validation :

• Viande crue (25 et 375g) protocole harmonisé avec les paramètres Salmonella et E.coli O157:H7
• Produit au lait cru (25g) protocole harmonisé avec les paramètres Salmonella et E.coli O157:H7
• Échantillons environnementaux de production

Points forts : 

• La seule méthode validée ISO 16140-2 permettant de libérer ses produits quel que soit le pays de destination selon 2 approches au choix :
  
  • Approche sérogroupale TOP 5  avec immunocapture pour diminuer les « alertes » liées à la présence de stx/eae et n’appartenant pas à des E.coli du TOP 5  (l’approche sérogroupale répond notamment à la définition des STEC hautement pathogènes définies par l’ANSES).
    
  • Approche stx seul pour répondre au besoin de libération de produits sur le marché « Export » (Hors France ; USA et Royaume Uni).

• Tous les réactifs sont « prêt à l’emploi » : Seulement 2 pipetages sont nécessaires pour lancer une analyse.
  
• Support local : 6 ingénieurs d’application spécialisés biologie moléculaire pour la France / Un ingénieur d’application dédié pour chaque utilisateur en France. Support clients/ Hotline basé à Craponne près de Lyon.

Plus de 90 systèmes installés en France (tous paramètres). Solution « Made in France » : R&D et Production basées à Grenoble – Développement logiciels basé sur notre site de Ker Lann près de Rennes.

Contact BioMérieux : Lise LOSSEFF – 07 64 35 80 29 – lise.losseff@biomerieux.com
Dites-lui que vous venez de la part de SuperMicrobiologistes.

iQ-Check STEC de Bio-Rad

Bio-Rad propose 2 kits pour la détection des STEC Top 7  : 

• iQ-Check STEC VirX : Pour la détection des gènes stx1-stx2 et eae.
  
• iQ-Check STEC SerO : Pour la détection des sérotypes O26, O45, O103 , O111, O121 et et O145, ainsi que E. coli O157: H7

Validation : La méthode iQ-Check STEC VirX est validée ISO16140-2 par le MicroVal pour la détection des gènes stx et eae dans toutes les matrices alimentaires (dossier de validation). Elle a également une certification AOAC.

Matrices testées lors de la validation :

• Viande crue (jusqu’à 375g) protocole harmonisé avec les paramètres Salmonella et E.coli O157:H7.
• Produit au lait cru (25g) 
• Farines et pâtes crues (jusqu’à 375g) 
• Végétaux et fruits crus (25g) 
• Matrices multi composées (25g)

Points forts :

• Résultats rapides : 10h pour la viande crue et 15 heures pour les autres échantillons.
  
• Validation: Validé sur des matrices difficiles telles que les farines, pâtes crues et végétaux et scope de validation unique sur le marché couvrant la détection des gènes stx et eae, l’ensemble des matrices alimentaires, l’utilisation de grosses portions de test (375g)
  
• Automatisation : Solution entièrement automatisée avec l’iQ-Check Prep

L’utilisation de la solution dd-Check STEC (méthode validée AOAC) permet la co-localisation des gènes de virulence stx et eae au sein d’une seule et même bactérie et offre donc une réponse pour la confirmation des échantillons en environ 6 heures.

Contact Bio-Rad : Marina Fabbri – Sales and Field Application Specialist – 07 84 54 65 03 – marina_fabbri@bio-rad.com
Dites-lui que vous venez de la part de SuperMicrobiologistes.

Les 2 autres méthodes mentionnées sont Bax et Suretect

Pourquoi certaines marques sont “mieux” présentées que d’autres ?

À la suite du sondage réalisé auprès des SuperMicrobiologistes, nous avons contacté toutes les marques plébiscitées pour leur proposer de sponsoriser cet article.

Ce sponsoring nous permet de vous proposer gratuitement tous nos contenus.

Les marques “mieux” présentées sont celles qui ont accepté de soutenir SuperMicrobiologistes en sponsorisant l’article. Nous les en remercions.

Donc si vous avez besoin d’une méthode de détection de STEC, commencez par tester ces marques-là  !

Et vous, quelle méthode de détection des STEC avez-vous choisi ? Venez partager votre expérience en commentaire.

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