Sélection de 4 méthodes PCR pour la détection des STEC

La détection des E.coli produisant des shigatoxines est peut-etre certainement l’analyse microbiologique la plus complexe du moment (en microbiologie alimentaire !). Après avoir expliqué ce qu’est un STEC, pourquoi ils sont compliqués à détecter et comment choisir la méthode la plus adaptée à son labo, voici le dernier étage de la fusée : Une sélection de 4 méthodes PCR fiables pour détecter les STEC.

Pour faire cette sélection nous avons demandé à la communauté des SuperMicrobiologistes les méthodes qu’ils utilisaient pour la détection des STEC. Nous avons ensuite contacté les responsables de ces marques pour en savoir un peu plus sur leur technologie PCR.

Dans cet article nous avons essayé de mettre en lumière les avantages mais aussi les limites de chacune de ces technologies pour vous aidez dans votre choix. Il ne vous reste plus qu’à les essayer.

Sélection des 4 méthodes PCR pour la détection des STEC :

• Assurance GDS MPX de Merck
• Gene UP EHEC de Biomérieux
• SureTect STEC de Thermo
• IQ-Check Stec VirX de Bio-Rad

En savoir plus sur nos critères de sélection ? C’est ici

Assurance GDS MPX de Merck

Validation : La méthode Assurance GDS MPX STEC est validée ISO16140-2 par l’AFNOR (dossier de validation)

Matrices validées :

• Viande crue (25 et 375g)
• Produit au lait cru (25g)

3 points forts : 

• Réduction du nombre de présomptifs positifs non confirmés : l’étape d’IMS permet de capturer uniquement des cellules vivantes.  
• Confirmation culture simple et fiable : à partir de l’immuno-capture ayant donnée le résultat PCR, aucun biais lié à une reprise de l’échantillon.
• Support local : 2 ingénieurs d’application dédiés à la France. Un service technique basé en France à Strasbourg et un entrepôt situé au sud de Lyon pouvant livrer en 48h partout en France.

Limite de la technologie :

• Le thermocycler a 72 positions contre 96 pour un thermocycleur “classique”. 

Plus de 20 sites installés en France spécifiquement sur les analyses STEC.

Ces informations ont été confirmées par des SuperMicrobiologistes utilisateurs de cette technologie.

lien vers Assurance GDS MPX STEC

Contact Merck
Florent Brossat
07 84 41 09 22 – florent.brossat@merckgroup.com

Gene UP EHEC de Biomérieux

Validation : La méthode GENE UP EHEC est validée ISO16140-2 par le MICROVAL (dossier de validation)

Matrices validées :

• Viande crue (25 et 375g) protocole harmonisé avec les paramètres Salmonella et E.coli O157:H7
• Produit au lait cru (25g) protocole harmonisé avec les paramètres Salmonella et E.coli O157:H7
• Échantillons environnementaux de production

3 points forts : 

• Validée ISO 16140-2 selon 2 approches au choix :
  • Approche sérogroupale TOP 5  avec immunocapture (via Vidas) pour diminuer les « alertes » liées à la présence de stx/eae et n’appartenant pas à des E.coli du TOP 5  (l’approche sérogroupale répond notamment à la définition des STEC hautement pathogènes définies par l’ANSES)
  • Approche stx seul pour répondre au besoin de libération de produits sur le marché « Export » (dont Allemagne etc …)

• Tous les réactifs sont « prêt à l’emploi » : Seulement 2 pipetages sont nécessaires pour lancer une analyse.
• Support local : Un ingénieur application dédié pour chaque utilisateur en France. Support de niveau 1, 2 et 3 en français. Plus de 90 systèmes installés en France (tous paramètres). Solution « Made in France » : R&D et Production basées à Grenoble

Limite de la technologie :

• Il existe un protocole « végétaux crus » dans la fiche technique mais il n’est pas pas validée ISO 16140-2.

Ces informations ont été confirmées par des SuperMicrobiologistes utilisateurs de cette technologie.

Lien vers GENE UP STEC

Contact BioMérieux
Lise LOSSEFF
07 64 35 80 29 – lise.losseff@biomerieux.com

SureTect STEC de Thermo

Validation : La méthode SureTect STEC est validée ISO16140-2 par l’AFNOR (dossier de validation)

Matrices validées : 

• Viandes crue (25g et 375g) 
• Produit au lait cru (25g) 
• Végétaux (25g et 375g incluant 25g de graines germées)

3 points forts :

• Simplicité de workflow : Une seule étape d’extraction d’ADN (Pas d’IMS ou étape supplémentaire), deux réactions PCR pour couvrir toutes les cibles, même cycle thermique pour les gènes stx, eae, O-groups et même Salmonella spp.
• Performances et robustesse : Pas d’inhibitions, méthode de confirmation très simple
• Plateforme ouverte et logiciel intuitif : Possibilité de trier les résultats positifs par cibles (stx uniquement, stx + eae, etc.)

Limite de la technologie :

• Aucune validation pour la farine.

Ces informations ont été confirmées par des SuperMicrobiologistes utilisateurs de cette technologie.

Lien vers SureTect STEC

Contact Thermo
Salman ZEITOUNI – Global Product Manager, molecular solutions
06 23 66 53 24 – salman.zeitouni@thermofisher.com

iQ-Check Stec VirX de Bio-Rad

Validation : La méthode iQ-Check STEC VirX est validée ISO16140-2 par le MicroVal (dossier de validation)

Matrices validées :

• Viande crue (25 et 375g) protocole harmonisé avec les paramètres Salmonella et E.coli O157:H7.
• Produit au lait cru (25g) 
• Farines et pâtes crues (25 et 375g) 
• Végétaux et fruits crus (25g), matrices multi composées (25g) : extension en juin 2023.

Points forts :

• Simple : Simplicité d’utilisation avec des protocoles optimisés 
• Sensible : Très bonne sensibilité par rapport à la référence ISO13136
• Automatisé : Solution entièrement automatisée avec l’iQ-Check Prep

Limite de la technologie :

• Limites de la confirmation sur boîtes notamment en présence d’une flore interférente importante (farines notamment)

Ces informations ont été confirmées par des SuperMicrobiologistes utilisateurs de cette technologie.

L’utilisation de la solution dd-Check STEC (méthode non validée Microval pour le moment – validation AOAC en Juin) permet la co-localisation des gènes de virulence stx et eae au sein d’une seule et même bactérie et offre donc une réponse pour la confirmation des échantillons en environ 6 heures.

Lien vers iQ-Check Stec VirX

Contact Bio-Rad
Marina Fabbri – Sales and Field Application Specialist
07 84 54 65 03 – marina_fabbri@bio-rad.com

Vous avez maintenant toutes les cartes en main pour choisir le fournisseur de kit PCR STEC qui convient le mieux à votre labo, à vous de jouer ! N’hésitez surtout pas à nous faire un retour sur la technologie que vous utilisez.

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