Comment fonctionne la souchothèque de bactéries de l’Institut Pasteur ?

Nous vivions très bien notre vie de microbiologistes jusqu’au jour où un SuperMicrobiologiste nous a demandé :

“On nous demande d’utiliser des souches qui ont moins de 5 passages, mais comment font les souchothèques qui les conservent depuis des dizaines d’années ?”

Un SuperMicrobiologiste anonyme

Et depuis, on n’en dort plus la nuit… Nous avons donc pris contact avec l’une des souchothèques les plus connues du monde : La Collection de l’Institut Pasteur (CIP) !

Qu’est-ce qu’une souchothèque ?

Mettons tout de suite une chose au clair… Chez SuperMicrobiologistes, nous avons pris l’habitude d’appeler une collection de microorganismes : une souchothèque. Mais pour être tout à fait exact, il faudrait parler de Centres de ressources biologiques ou même de biobanques.

Une souchothèque, c’est un peu comme une bibliothèque… de souches. Les microorganismes (bactéries, levures, moisissures, etc.) y sont caractérisés (propriétés biologiques et génétiques), classés et conservés.

Comme pour les bibliothèques, il existe différents types de souchothèques.

Il y a des souchothèques privées, qui permettent à des laboratoires (souvent industriels) de conserver leurs souches d’intérêt. Mais il existe aussi des souchothèques publiques qui donnent accès à leurs souches.

Bref, les souchothèques sont très importantes puisqu’elles conservent une partie de notre patrimoine… Elles sont pour ainsi dire d’intérêt général… mais ça, ça n’engage que nous 😉

Historique de la biobanque Pasteur

La Collection de l’Institut Pasteur est l’une des plus anciennes collections au monde. Elle date de 1896.

Au départ, les souches étaient conservées sur des milieux de culture, puis repiquées régulièrement pour les garder en vie. Vous imaginez un peu le travail les jours de repiquages ? Sans oublier le nombre de mutations !

Puis, dans les années 50, une invention a révolutionné la conservation des souches; Il s’agit de la lyophilisation.

Cette technologie permet de conserver plus longtemps les souches, sans avoir à les repiquer. On gagne un temps fou et surtout, on a moins de mutations !

D’où viennent les souches stockées dans les biobanques ?

Pour la CIP, à l’origine, les souches provenaient des hôpitaux parisiens situés à côté de l’Institut Pasteur. La souchothèque était alors principalement composée de souches médicales.

Puis, la CIP a récupéré les bactéries provenant de CNR (Centres Nationaux de Référence) suite au départ à la retraite des responsables.

À partir de 1991, la nature des souches stockées a évolué vers des espèces bactériennes nouvellement décrites et des bactéries de l’environnement.

Il faut savoir que dès qu’une nouvelle espèce est décrite quelque part dans le monde, elle doit être déposée dans au moins deux collections de deux pays différents pour y être conservée.

C’est ainsi qu’aujourd’hui, la CIP contient un peu plus de 25 000 souches provenant de 5500 espèces différentes.

Comment sont gérées les souches dans une souchothèque ?

C’est là que ça devient intéressant…

Chaque nouvelle souche qui rentre dans la CIP suit un processus très précis.

Tout d’abord, la pureté de la souche est vérifiée (non contaminée).

Puis, à partir de la souche initiale, une quinzaine d’ampoules sont produites : 

• 5 sont conservées comme lot primaire (pour reproduire des lots de distribution).
  
• 7 ampoules pour la distribution aux clients.
  
• 2 ampoules sont stockées dans un bâtiment séparé (en cas de problème).
  
• La dernière ampoule sert au contrôle qualité.

Pour une sécurité optimale, le lot primaire est conservé selon deux méthodes (lyophilisation et congélation à -80°C). Si la souche ne supporte pas la lyophilisation (c’est possible !), elle sera alors stockée dans de l’azote liquide.

En fin de production, la souche est identifiée et caractérisée (ex: antibiorésistances) avec des technologies de pointe (séquençage et/ou Maldi-Tof). Un numéro de collection lui est alors attribué. Exemple : CIP 54.8 pour E.coli.

Mais au fait, comment sont attribués les numéros de collection au CIP ?

Au cours des années la numérotation a changé. Actuellement c’est 6 chiffres qui s’incrémentent CIP 112030, CIP 112031… A l’époque du CIP 54.8, le 54 correspondait à l’année de dépôt de la souche dans la CIP.

Une fois ce processus terminé, les souches sont ajoutées au catalogue et peuvent être commercialisées par la CIP.

La production et le biobanking des souches se font selon la norme ISO 20387.

Pour le moment, les souches sont vendues avec des valeurs assignées qualitatives. Mais la CIP travaille actuellement sur l’assignation de valeurs quantitatives. De même, la souchothèque de moisissures devrait bientôt être disponible.

Et voilà, nous espérons que ce voyage au cœur la CIP vous a plu. Si vous avez la moindre question, n’hésitez pas à nous la poser en commentaire !

Nous souhaitons remercier Fay Betsou et Dominique Clermont pour nous avoir ouvert les portes de la CIP et expliqué son fonctionnement !

Ne loupez pas notre prochain article, inscrivez-vous à la newsletter ici !