Fertilité milieux de culture pharma: Guide complet pour choisir vos souches de contrôle calibrées

La plupart des laboratoires de CQ (Contrôle Qualité) microbio pharma utilisent des souches de contrôles plusieurs fois par mois pour vérifier la fertilité de leurs milieux de culture.

Pour se simplifier la vie, de plus en plus de laboratoires optent pour des souches de contrôle prêtes à l’emploi.

Cela peut se révéler être un bon choix à condition bien évidemment de choisir un… fournisseur fiable.

Dans cet article vous trouverez 10 critères à prendre en compte lorsque vous aurez à choisir un fournisseur de souches calibrées. Normalement avec ça, vous devriez faire le bon choix.

Sommaire : 

• Qu’est-ce qu’un test de fertilité de milieu de culture ?
• Les critères pour choisir vos souches de contrôle
• Bonus : Les souches environnementales

Qu’est-ce qu’un test de fertilité de milieu de culture ?

Un test de fertilité de milieu de culture permet de vérifier la capacité du milieu de culture à promouvoir la croissance des microorganismes.

Cela vous évitera de vous poser cette question : 

« Est-ce que rien ne pousse sur mes boites parce qu’il n’y a pas de contamination, ou bien est-ce parce que le milieu de culture que j’utilise est tout… “moisi” ?! »

Pour effectuer un test de fertilité, on inocule un nombre de micro-organismes connus (<100 CFU) sur le milieu de culture à tester, puis on vérifie que ces microorganismes poussent correctement. Si c’est le cas, le lot de milieux de culture est valide et peut être utilisé par le labo. Si non, alors là c’est la m****… il faut investiguer* !

« Avoir une entière confiance en ses souches de contrôles permet de gagner un temps précieux. »

Les tests de fertilité des milieux de culture sont très bien décrits dans les différentes pharmacopées (Ph.Eur. 2.6.12 et 2.6.1, USP<61>, etc…). On y retrouve toutes les informations nécessaires, notamment les noms des souches à utiliser pour challenger les milieux de culture.

Les 5 souches de contrôle les plus utilisées sont : 

Staphylococcus aureus (ATCC 6538, NCIMB 9518, CIP 4.83, NBRC 13276)
Pseudomonas aeruginosa (ATCC 9027, NCIMB 8626, CIP 82.118, NBRC 13275)
Bacillus subtilis (ATCC 6633, NCIMB 8054, CIP 52.62, NBRC 3134)
Candida albicans (ATCC 10231, NCPF 3179, IP 48.72, NBRC 1594)
Aspergillus brasiliensis (ATCC 16404, IMI 149007, IP 1431.83, NBRC 9455)

ATCC, NCIMB, etc… c’est le nom des collections. On en reparle juste après.

*Lors des investigations, alors qu’on ne devrait questionner que la qualité des milieux de culture… bien souvent on passe beaucoup de temps à challenger les souches de contrôles (concentration, pureté, état physiologique) pour expliquer pourquoi le test de fertilité n’a pas fonctionné. Avoir une entière confiance en ses souches de contrôles permet de gagner un temps précieux.

Voici donc les critères à prendre en compte pour gagner cette confiance.

Autre article sur le sujet : Comment faire les tests de fertilité des milieux de culture ?

Critères pour choisir vos souches de contrôle calibrées

1 – Pureté de la souche

Bien que cela soit très peu fréquent, il peut arriver qu’une souche soit contaminée. Pour vérifier la fiabilité du fournisseur il n’y a rien de mieux que d’échanger avec d’autres laboratoires qui l’utilisent déjà.

Vous pouvez le faire en posant la question sur le forum de SuperMicrobiologistes ou en consultant notre article “Pharma : Les meilleures souches de contrôles calibrées”

2 – Facilité d’utilisation

La simplicité est clé : moins il y a d’étapes de préparation, moins il y a de risques d’erreurs.

Selon les différents fournisseurs, le nombre d’étapes nécessaires à la préparation de la souche peut varier. Les étapes à prendre en compte sont le temps de réhydratation, la température de dissolution, le nombre de dilutions ou encore le temps passé au vortex.

Chacune de ces étapes peut influencer significativement votre résultat.

Conseil : Privilégiez les protocoles les plus simples. Idéalement, il faut le moins d’étapes possible pour arriver à une solution dans laquelle il y a <100 cfu/0,1ml.

3 – Nombre d’analyses par conditionnement

Certains conditionnements proposent 10 analyses (10 fois 0,1ml), d’autres 50 ou 100.

Le problème avec les souches calibrées c’est qu’une fois reconstituées elles ne sont stables que quelques heures. Si vous en avez trop, vous devrez les jeter.

Ici il ne s’agit pas d’une problématique de qualité de la souche, mais de coût. Les fournisseurs bien souvent vous présentent un coût par test ou par pastille. Mais cela n’inclut pas les “pertes”.

Pour calculer votre coût, définissez vos besoins :

Pour chaque souche, de combien d’inoculat de 0,1ml (<100 cfu) avez-vous besoin ?

Ce calcul est labo dépendant. Cela dépend du nombre de milieux que vous testez, du nombre de réplicas (ancien lot vs nouveau lot ? duplicats ?, etc…).

Pour comparer 2 fournisseurs il faudra calculer votre coût par test de fertilité… en incluant les “pertes”.

4 – Péremption de la souche

Il n’y a rien de pire que de devoir jeter des souches parce qu’elles sont expirées.

Il est donc important de choisir un fournisseur qui garantit la livraison de souches avec la plus longue durée de validité possible.

Vous pouvez espérer 6 à 12 mois de péremption !

5 – Température de stockage de la souche

Selon les fournisseurs, la température de conservation de la souche varie. On retrouve : 

• Température ambiante (ce qui est plutôt rare)
• Réfrigérateur (entre 2 et 8°C)
• Congélateur ( -20°C).

Dans un laboratoire où l’espace est souvent limité, cette exigence de température de stockage devient un facteur important à considérer lors du choix d’une souche.

Attention, pour limiter les va et vient, les souches doivent être stockées dans le labo à côté du PSM (Poste de Sécurité Microbiologique) où elles sont utilisées.

6 – Validation du transport des souches lyophilisées

Certaines souches viennent de très loin (USA, Australie). Avant d’arriver dans votre labo, elles peuvent même transiter par plusieurs entrepôts de stockage.

Demandez à votre fournisseur comment est gérée la température lors de ces transports ? Si la température de stockage est différente de la température de transport, demandez-lui le rapport de validation.

Certaines souches peuvent être très sensibles aux variations de températures… notamment un certain P. aeruginosa !

7 – Disponibilité de toutes les souches

Vérifiez que votre fournisseur propose toutes les souches dont vous aurez besoin. Il est toujours plus facile de n’avoir qu’un fournisseur, avec un seul protocole que 2 ou 3.

Autre point important à vérifier, où sont stockées les souches. Peuvent-elles être rapidement disponibles en cas de besoin ? Il n’y a rien de pire que de ne pas pouvoir libérer un lot de milieux de culture parce qu’on n’a pas la souche pour le contrôler.

8 – Souches de collection ATCC obligatoirement ? 

Il est essentiel de s’assurer que la souche fournie corresponde bien à celle demandée par la pharmacopée.

Alors qu’il y a quelques années on ne voyait que par les souches ATCC (American Type Culture Collection), aujourd’hui les équivalences avec d’autres collections nationales sont bien reconnues.

Les pharmacopées évoquent même les collections suivantes :

• NCTC/NCPF :”National Collection of Type Cultures” et “National Collection of Pathogenic Fungi”.Il s’agit d’une collection britannique. 
  
• NBRC : “NITE Biological Resource Center”.
  
• DSMZ : « Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen », qui se traduit en français par « Collection Allemande de Microorganismes et de Cultures Cellulaires ». Il s’agit d’une des plus grandes banques de ressources biologiques au monde, située en Allemagne.

D’autres équivalences entre les collections peuvent exister. Le site du World Data Centre for Microorganisms (WDCM) offre un outil pratique pour identifier ces équivalences et faciliter ainsi la sélection appropriée des souches.

9 – Le support du fournisseur

On ne veut pas vous porter l’œil, mais à un moment donné vous aurez un problème (ou au moins des questions) avec vos souches de contrôle. A ce moment-là vous aurez besoin d’avoir des réponses rapides de la part de votre fournisseur.

D’où l’intérêt de choisir un fournisseur qui maitrise le sujet !

Demandez à votre fournisseur s’ils ont un.e spécialiste (ingénieur.e application) des souches en interne.

Demandez également si une formation est comprise avec l’achat des souches (au moins une fois par an). Même si le protocole est simple, il existe des subtilités qu’il est important de connaître !

Bonus : 10 – Les souches environnementales

Les pharmacopées encouragent de plus en plus les laboratoires pharmaceutiques à utiliser des souches provenant de leurs environnements de production. On parle également de souches endogènes.

Idéalement ces souches doivent également être utilisées pour vos tests de fertilité.

Lorsque vous choisissez un fournisseur de souches il ne faut pas négliger ce point… Que faire avec les souches environnementales ?

De plus en plus de fournisseurs proposent de récupérer vos souches endogènes pour vous les préparer dans le même conditionnement que vos souches “pharmacopées”. C’est une excellente initiative, cela vous évitera d’avoir un seul protocole de préparation pour toutes vos souches.

Voici cependant plusieurs points à vérifier avec votre fournisseur : 

Logistique pour envoyer la souche

Envoyer une souche dans un pays étranger n’est pas une mince affaire… Il y a des problématiques de douane, mais aussi pas mal de paperasse à remplir pour la livraison.

Qui s’en occupe ?

Vous ou le fournisseur ?

Entre nous c’est mieux si c’est lui, non ?!

Délai de production

La production d’une souche à façon peut être longue, même si le fournisseur ne peut pas s’engager sur un délai précis (C’est souvent une vraie galère à produire !), il peut au moins vous donner une fourchette de temps.

Ne soyez pas effrayé s’il vous indique un délai de 2 à 3 mois à partir de la réception de la souche.

Le contrôle qualité de la souche

Après production, le fournisseur doit faire un contrôle qualité de la souche pour vous fournir un CoA (Certificat d’Analyse).

Demandez-lui quels tests sont effectués :

Quel(s) milieu(x) sont utilisés pour vérifier la concentration de la souche ?

Quelle est la durée et la température d’incubation ?

Est-ce qu’une identification de la souche est prévue ? Si oui, avec quelle méthode ?

Est-ce que le fournisseur s’engage sur une date de péremption ?

Le prix

On parle rarement de prix sur SuperMicrobiologistes, mais dans ce cas c’est important. 

Combien coûte une souche à façon ?

Si vous avez besoin de la recommander quel sera le prix ?

Sur ce point on vous laisse juger…

Comment se passent les productions suivantes ?

Il est possible que vous ayez la même souche endogène pendant plusieurs années. Vous aurez donc besoin d’en recommander.

Dans ce cas, est-ce que le fournisseur conserve votre souche ?

Si oui combien de temps ?

Conclusion

Voilà, vous avez maintenant toutes les cartes en main pour pouvoir choisir le meilleur fournisseur de souches lyophilisées prêtes à l’emploi.

Dites-nous en commentaire lequel vous avez choisi !

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Chapitre 2.6.12 : « Microbiologie des produits non stériles : Tests de croissance microbienne » 

Chapitre 2.6.1 : « Méthodes microbiologiques » Dans la Pharmacopée 

Chapitre <61> « Microbial Enumeration Tests »