Microbiologie alimentaire : Guide d’achat de souches de contrôle microbiennes

Au cours des dernières années, les laboratoires de microbiologie alimentaire ont été invités à effectuer de plus en plus de tests pour vérifier la qualité des performances des méthodes et des réactifs qu’ils utilisent.

Pour réaliser ces tests, les labos ont besoin des souches de microorganismes comme matériel de référence. Mais où trouver ces souches ?

Il y a quelques années, les seules alternatives pour acheter des souches de référence étaient les instituts nationaux (comme Pasteur en France).

Aujourd’hui, nous avons la chance d’avoir plusieurs fournisseurs de matériels de référence. Cerise sur le gâteau, de nombreux formats sont disponibles : souches lyophilisées prêtes à l’emploi, matériaux de référence qualitatifs ou quantitatifs.

Mais alors, comment choisir la bonne solution pour son labo ?

Dans cet article, nous avons répertorié les points critiques à vérifier avant de choisir un nouveau fournisseur de souches de microorganismes.

Sommaire :

• À quoi servent les souches de contrôle de qualité ?
• 10 conseils pour choisir une souche de contrôle calibrée.
• Comment choisir une souche de contrôle de qualité non calibrée ?

À quoi servent les souches de contrôle de qualité ?

Dans les laboratoires de microbiologie alimentaire, les souches microbiennes de contrôle qualité peuvent être utilisées pour de nombreux tests, voici quelques exemples :

• Tester les performances des milieux de culture (ISO 11133)
  
• Tester les performances d’autres réactifs (exemple : système d’identification)
  
• Validation des méthodes (ISO 16140-3)
  
• Contrôle positif

Pour réaliser ces tests, vous aurez besoin d’une grande variété de souches :

• Souches de bactéries, de levures et de moisissures
  
• Calibrées ou non

Même si les souches CQ (Contrôle Qualité) sont encore le plus souvent préparées par le laboratoire (à partir d’une souchotèque), de plus en plus de laboratoires utilisent des souches prêtes à l’emploi.

La raison principale est que la préparation peut être longue et compliquée (surtout si la souche doit être calibrée).

Voyons donc maintenant comment choisir les meilleures souches de contrôle de qualité.

Lorsqu’un test de performance tourne mal, la premiere chose à remettre en cause doit être le milieu de culture… pas la souche !

10 conseils pour choisir une souche de contrôle calibrée

1 – Disponibilité de toutes les souches

Généralement il y a plusieurs milieux de culture à tester, il faut donc plusieurs genres et espèces de souches.

L’idéal est donc de dresser une liste et de vérifier que le fournisseur peut toutes les fournir… Cela évitera d’avoir 2 ou 3 fournisseurs différents.

2 – Vérifier la souchothèque de référence

Vérifier que la souche proposée par le fournisseur est la même (ou équivalente) à la souche demandée dans la norme.

Chaque pays ayant sa propre souchothèque de référence (exemples : souches CIP (Collection de l’Institut Pasteur), souches ATCC (American Type Culture Collection)) il est parfois difficile de savoir si la souche que propose le fournisseur est la même que celle demandée par la norme.

Heureusement il existe des équivalences entre les souchothèques. Le site de la World Data Centre for Microorganisms (WDCM) permet de facilement retrouver ces équivalences.

3 – Quelle est la concentration de la souche ?

Vérifier que la concentration proposée par le fournisseur correspond à la concentration ciblée pour le test de fertilité.

Généralement on essaie d’inoculer avec un faible volume (0,1ml sur une gélose ou un tube et jusqu’à 1 ml pour un bouillon d’enrichissement). Les fournisseurs peuvent proposer différents formats de souches, avec différentes concentrations. Il faut vérifier que le format proposé est compatible avec les besoins du labo et qu’il n’y aura pas trop de perte.

4 – Facilité d’utilisation

Moins il y a d’étapes de préparation, moins il y a d’erreurs !

En fonction des fournisseurs, il peut y avoir plus ou moins d’étapes de préparation. Sachant qu’on travaille avec du vivant, chaque étape à son importance (temps de réhydratation, température de dilution, temps de vortex, etc…) et peut avoir un impact sur la croissance du microorganisme… Il faut dire qu’elles sont sensibles ces bébêtes !

Autre point, est-ce que le format est sans danger? Certains fournisseurs proposent les souches dans des emballages à “risque”, comme des ampoules en verre. Il y a évidemment un risque de coupure (avec une souche ce n’est vraiment pas cool) et des risques de contaminations croisées. A contrario, d’autres fournisseurs proposent des formats faciles à utiliser et sans aucun risque pour l’utilisateur et pour l’échantillon.

5 – Nombre d’analyses par conditionnement

Sur ce point, on n’a aucun conseil à donner en particulier, tout dépend des besoins du labo. Avec un conditionnement on peut faire de 1 à 100 tests. C’est donc un point à discuter avec les fournisseurs. C’est généralement une question de prix !

6 – Pureté de la souche

C’est rare, mais cela peut arriver avec certains fournisseurs qu’une souche soit contaminée avec une autre souche. Pour vérifier ce point rien de mieux que d’échanger avec d’autres laboratoires qui utilisent déjà le fournisseur, cela permet de vérifier sa fiabilité. Vous pouvez le faire en posant la question sur le forum de SuperMicrobiologistes.

7 – Température de conservation

En fonction du fournisseur, la souche va se conserver à température ambiante (rare), au réfrigérateur (2-8°C) ou au congélateur (-20°C). En fonction de la place disponible au labo, cette température de stockage peut véritablement être un critère de choix.

8 – Péremption de la souche

Les souches calibrées ont un certain coût. Il n’y a donc rien de plus rageant que de devoir les jeter parce qu’elles sont périmées. Il faut donc privilégier un fournisseur qui s’engage à livrer les souches avec la plus longue péremption possible.

9 – Condition de transport et délai de livraison

Demandez à votre fournisseur où sont fabriquées ses souches… la réponse est parfois surprenante (Australie, USA, etc…). Les délais d’approvisionnement peuvent parfois être longs. Est-ce qu’il y a un stock en France ?

Autre point : Comment est gérée la température lors du transport ? Est-ce que le fournisseur à une validation ? Si oui, demandez-la !

10 – Prix

C’est évidemment un critère de choix… mais pour ce point, on vous laisse gérer !

Bonus : Les souches génétiquement modifiées

Certains fournisseurs proposent des souches génétiquement modifiées. Ces souches vont par exemple émettre une lumière fluorescente lorsqu’elles sont éclairées avec une lampe UV. Les fournisseurs les proposent pour des souches pathogènes, cela permet de les repérer plus facilement en cas de contaminations dans le labo.

A quelle fréquence devons-nous tester la fertilité des milieux de culture ? Retrouvez notre article ici

Comment choisir une souche de contrôle de qualité non calibrée ?

Les souches non calibrées sont généralement utilisées pour alimenter le souchier du laboratoire (congélateur -20 à -80°C). Les critères vus au-dessus sont presque tous applicables. On y ajoutera celui-ci :

Nombre de passages

Les souches stockées en souchiers sont généralement repiquées un certain nombre de fois.

A chaque repiquage la souche subit des mutations qui peuvent lui faire perdre certaines caractéristiques importantes. Ces mutations peuvent à terme avoir un impact négatif avec vos méthodes de détections (PCR ou milieux chromogéniques par exemple).

Certains fournisseurs proposent des souches à 1, 2 ou 4 passages de la souche de référence. Pour une conservation en souchier on va plutôt privilégier les souches avec 1 ou du 2 passages maximums.

Conclusion

Le choix des souches de contrôle microbiennes n’est pas seulement une science, c’est un art.

Avec un plus grand nombre de fournisseurs proposant des souches et des formats différents, vous avez aujourd’hui plus d’options que jamais. Avec cet article, vous avez maintenant toutes les cartes en main pour choisir le fournisseur de souches qui convient le mieux à votre labo.

A vous de jouer, allez challenger vos fournisseurs en leur posant autant de questions que possible.

Et surtout, faites-nous savoir en commentaire sur quel fournisseur s’est porté votre choix.

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